第1幕
「天にあるもの 地にあるもの」
1213年、イラン東部の都市トゥース。母を亡くし、故郷からも遠く引き離された幼い少女シタラは、学者一家の心優しい奥方・ファーティマに拾われる。最初は故郷に帰るために勉強を嫌がり逃げ出そうとしたシタラだが、ファーティマの息子で学者を目指すムハンマドから「賢くなれば、どんなに困ったことが起きたって何をすれば一番いいのかわかる」と勉学の大切さを教えられ……。
脚本： 加藤還一
演出： Abel Gongora
絵コンテ： Abel Gongora
作画監督： 吉田健一
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第2幕
「サファルに咲く薔薇」
ムハンマドが故郷を旅立って8年後。モンゴル帝国の第四皇子トルイ率いる軍が、シタラたちが暮らす都市トゥースにまで侵攻。屋敷を急襲したトルイは、ファーティマが大切にしていた写本「原論」を奪い、街を焼き討ちに。モンゴル軍の捕虜となり絶望の淵に突き落とされたシタラのもとに、モンゴル軍の通訳を行う少年シラが接触してくる。
脚本： 加藤還一
演出： 山田尚子、藤倉拓也
絵コンテ： 山田尚子
作画監督： 吉田健一、霜山朋久、小倉典子、阿見圭之介
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第3幕
「消しえぬ炎」
シラは自らの出世のため、教養があるシタラをトルイに紹介したいと訴える。シタラは「原論」が奪われファーティマが殺された理由を知り、大切な「原論」を取り戻すことだけが自分にできることだと悟る。それは、自分からすべてを奪ったモンゴル帝国への復讐の狼煙でもあった。トルイに謁見したシタラは自らを「ファーティマ」と名乗る。
脚本： 佐藤寿昭
絵コンテ・演出： 安部祐二郎
作画監督： 内村瞳子、松田K子、堀江由美、永留あい
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第4幕
「炉の主（オッチギン）」
トルイの正妃ソルコクタニの元で「原論」の指南役となったシタラは激しい憎悪を抱えながらも、表向きは従順な側近を演じながら機をうかがう。数年が経ち、すっかりソルコクタニの信用を取り付けた折、皇帝チンギス・カンが崩御する。政治体制が大きく変わるなか、シタラに思いもよらぬ命令が下る。
脚本： 井上美緒
絵コンテ・演出： 霜山朋久
作画監督： 太田琴美、木下絵李
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第5幕
「蛇のまだらは外側に 人のまだらは内側に」
ソルコクタニの密命を受け、対立の火種になりうる第二皇子チャガタイの動向を探ることになったシタラ。シラの協力もあり、無事に手はずを整える。だがその矢先、偶然持っていた「ジャダ石」をきっかけに第三皇子オゴタイの第六妃ドレゲネに窃盗の嫌疑をかけられ、追及されてしまう。
脚本： 加藤還一
絵コンテ： 笹木信作
演出： 石郷岡範和
作画監督： 小倉典子、堀江由美
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第6幕
「メルゲンの民」
モンゴル帝国に恨みを持つシタラを信頼し、自らの哀しい過去を語り始めるドレゲネ。遡ること25年前。年の離れたメルキト族の長・ダイルに嫁いだドレゲネは、ダイルの娘クランたちと心を通わせる。だが平和な日々もつかの間、チンギス・カン率いるモンゴル族に襲撃され、ダイルはある決断を下すのだった。
脚本： 佐藤寿昭
絵コンテ： 安藤雅司
演出： 松永浩太郎
作画監督： 阿見圭之介
※この画像は第6幕のネタバレを含みます。
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第7幕
「兄弟」
シタラはドレゲネと結託し、モンゴル帝国に復讐の嵐を起こすことを誓う。ドレゲネはモンゴル皇帝(大カアン)であるオゴタイの妻としての立場を利用し、総会議（クリルタイ）に参加して情報収集を行う。ドレゲネから新たな戦争の作戦を聞いたシタラは、権威を持つオゴタイと、軍事力を持つトルイとの間に不和を起こそうと画策する。
脚本： 井上美緒
絵コンテ： 安部祐二郎、Nicholas McKergow
演出： 安部祐二郎
作画監督： MION、Nicholas McKergow、小倉典子、太田琴美、松田K子
※この画像は第7幕のネタバレを含みます。
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第8幕
「大カトゥン ボラクチン」
読み書きの能力を買われて書記官の仕事を手伝うことになったシタラは、オゴタイの第四妃モゲの仲介で第一皇后（大カトゥン）のボラクチンに謁見。病身のボラクチンを見たシタラは、これまで得た知識を使ってその原因と治療法を言い当て、懐に入り込むことに成功。モンゴル帝国を内部分裂させる計画を水面下で進め始める。
脚本： 佐藤寿昭
絵コンテ・演出： 村越麻海
絵コンテ協力： 藤倉拓也
作画監督： 内村瞳子、木下絵李、堀江由美、Nicholas McKergow、チャ ミョンジュン（WHITE LINE）
※この画像は第8幕のネタバレを含みます。
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第9幕
「天（テングリ）」
モンゴル帝国と金国が開戦。敵軍15万に対し、たったの4万で挑んだトルイ率いるモンゴル軍だったが、「巻き狩り」で大金星を収める。領土をさらに拡大し、ますます栄華を極めるモンゴル帝国。その最中、ドレゲネに異変が。シタラを避けるようになり、ある夜「私の天幕に来ないように」と言い渡す。不審に感じたシタラは密かに様子を見に行くが……。
脚本： 井上美緒
絵コンテ・演出： 松永浩太郎
作画監督： MION、石松、小倉典子、永留あい、阿見圭之介、チャ ミョンジュン（WHITE LINE）、ク ジャチョン（WHITE LINE）
※この画像は第9幕のネタバレを含みます。
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第10幕
「知恵」
急な病に倒れたオゴタイの回復を願う祈祷の後、身代わりになったかのようにトルイに不測の事態が起きてしまう。帝国の軍事力、権威、知識がオゴタイ家に一極集中するなか、シタラはドレゲネとの誓いを守るため、ボラクチンの謀略で窮地に陥った彼女を助けるべく奔走することになる。
脚本： 佐藤寿昭
絵コンテ・演出・レイアウト： 前場健次
絵コンテ協力： 藤倉拓也
作画監督： 太田琴美、木下絵李、堀江由美、石松、前場健次
※この画像は第10幕のネタバレを含みます。
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第11幕
「不器用な石」
明らかになる、ボラクチンの過去。扱い方次第で薬にも猛毒にも変わる石を手に入れた彼女は、その効果を調べるため自らの身を実験台にしていた。すべては夫であるオゴタイの障害を取り除くため──。そして現在。ボラクチンの謀略で窮地に陥ったドレゲネを助けるべく奔走するシタラは、ドレゲネとオゴタイの息子グユクと出会う。
脚本： 加藤還一
絵コンテ： 愛敬亮太、山田尚子、Abel Gongora
演出： 井分詢也
作画監督： 霜山朋久、松田K子、Nicholas McKergow、内村瞳子、永留あい、石松、太田琴美、木下絵李